El sindicato Amtaascm (Asociación Mexicana de Trabajadores de Autotransportes, Aéreo-Transportes, Similares y Conexos de la República Mexicana) señala que Magnicharters tiene al menos 150 millones de pesos en deudas con agencias de viajes.

Magnicharters pertenece a Grupo Aéreo Monterrey. La aerolínea anunció el 11 de abril de 2025 la cesión unilateral de sus operaciones por razones logísticas, señalando que tomaría dos semanas resolver la situación.